Ciao Francesco!
È Liferay che modifica il tuo descrittore; lo fa perché anche se è vero che tu utilizzi la specifica JSR168/JSR286 di fatto rilasci i tuoi oggetti dentro a un servlet container.
Quello che trovi nel tuo web.xml, infatti, altro non è che un map tra le tue portlet e le rispettive servlet che l'application deve montare per poter funzionare.
Spero d'esserti stato d'aiuto; in caso avessi altri dubbi non esitare a chiedere! ;)
